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Archivée - La carte routière de l'industrie biopharmaceutique canadienne — Notes de bas de page

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1  L'une des incidences de la génomique — l'étude du génome humain — sur les sciences de la vie est de convertir chaque élément de la cellule en une spécialité omique, comme par exemple, la protéomique pour les protéines et la métabolomique pour les fluides cellulaires. Ce point est discuté plus longuement au chapitre deux. (Retour)

2  Statistique Canada, Tendances canadiennes en biotechnologie, 2e édition, 2005, figure 12, p. 25. (Retour)

3  Par exemple, le programme Small Business Industrial Research (SBIR) qui vise à aider les jeunes entreprises, faisant partie des secteurs stratégiques, à parvenir à l'étape de la preuve de concept de façon à maximiser leur chance de succès sur le plan de la commercialisation. (Retour)

4  Techniques informatisées pour trier, conserver, analyser, manipuler et consulter les éléments d'information biologiques contenus dans les bases de données. (Retour

5  Recherche pour trouver des connexions entre les maladies, les cibles moléculaires comme un enzyme ou une protéine de récepteur intervenant dans la progression de la maladie (phase biologique) et les molécules médicamenteuses (phase chimique) capables de moduler l'activité biologique de la cible. (Retour)

6  Food and Drug Administration. « Challenge and Opportunity on the Critical Path to New Medical Products », mars 2004. (Retour)

7  J. Hodgson. « ADMET — turning chemicals into drugs », Nature Biotechnology, août 2001, p. 722. (Retour)

8  Christopher Dobson. « Chemical Space and Biology », Nature, décembre 2004, p. 826. (Retour)

9  U. Betz. « How many genomic targets can a portfolio afford », Drug Discovery Today, août 2005, p. 1059. (Retour)

10  Dans l'iARN, un segment ARN à double brin est introduit dans les cellules ou les organismes pour désactiver un gène particulier en le liant à son ARN ou en provocant la dégradation de son ARN. (Retour)

11  Étant donné que chaque organisme n'est pas doté de toutes les caractéristiques de la physiologie humaine, il faut disposer de plus d'un modèle pour améliorer la capacité prédictive humaine. (Retour)

12  Les réponses métaboliques, par exemple, sont influencées par des variables telles que les protéines, les régimes alimentaires et l'âge qui peuvent masquer les effets de la maladie; de même, le nombre des différents métabolites est inconnu, variant, selon les estimations, entre 2 000 et 20 000. (Retour)

13  Il y a une différence entre le caractère thérapeutique et l'activité biologique. Une protéine peut être thérapeutique mais la modulation de sa fonction avec une petite molécule peut avoir une valeur thérapeutique limitée. D'autre part, une protéine peut avoir un rôle important dans l'évolution de la maladie sans pour autant être une cible thérapeutique. (Retour)

14  Les mécanismes de l'interaction protéine-protéine trouvées dans l'apoptose, le principal mécanisme de la mort cellulaire programmée (les cellules cancéreuses, par exemple, témoignent d'une croissance cellulaire non vérifiée causée par le manque d'apoptose) n'ont pas de cibles thérapeutiques connues. Cela a entraîné l'utilisation d'une stratégie de remplacement basée sur les inducteurs d'apoptose antisense, mais ces agents créent des problèmes concernant la libération du médicament. (Retour)

15  U. Betz. « How Many Genomics Targets Can a Portfolio Afford », Drug Discovery Today, août 2005, p. 1061. (Retour)

16  T. Creavin. « Antigen synthesis opens the door to a broad spectrum AIDS vaccine », Drug Discovery Today, juin 2004, p. 507–508. (Retour)

17  P. Palese. « Making Better Influenza Virus Vaccines » (en anglais seulement), consulté le 21 décembre 2005. (Retour)

18  Manuel J. Rodriguez-Ortega et autre. « Characterization and Identification of Vaccine Candidate proteins through Analysis of the Group A Streptococcus Surface Proteome », Nature Biotechnology, février 2006, p. 191. (Retour)

19  Christopher Dobson. « Chemical Space and Biology, Nature », décembre 2004, p. 827. (Retour)

20  La synthèse et le testage renouvelé des analogues afin de s'assurer que le composé, en tant que cible biologique, possède des propriétés pharmacologiques acceptables. (Retour)

21  Les RCPG doivent être criblés selon un format cellulaire, de façon à refléter l'environnement in vivo. Quant aux méthodes de criblage des canaux ioniques (la technique du « patch-clamp » qui mesure les courants ioniques sous une tension de membrane définie), elles ont un débit très faible, nécessitent des opérateurs techniquement qualifiés et sont difficilement mises à l'échelle. En outre, les banques de canaux ioniques ne profitent pas autant que les RCPG d'une diversité chimique aussi grande et d'un nombre de ligands connus suffisamment élevé pour servir de point de départ. (Retour)

22  Anomalie de repolarisation des muscles cardiaques désignée par l'intervalle de temps entre la déflection de l'onde Q et la fin de l'onde T d'un électrocardiogramme. (Retour)

23  Étant donné que la sécurité et l'efficacité d'un médicament dépendent fréquemment de la manière dont le médicament est métabolisé dans le foie ainsi que de la production ou de la non-production de métabolites toxiques ou inactifs, les essais sont basés sur les hépatocytes (cellules hépatiques) prélevés sur des cadavres; le tissu hépatique humain est coûteux et difficile à obtenir. (Retour)

24  Des algorithmes plus précis qui prennent en considération la flexibilité des angles de torsion dans les protéines et dans les petites molécules pourront mieux prévoir comment ces deux matières interagissent l'une avec l'autre. Si des banques volumineuses doivent être criblées dans un délai raisonnable, il faut avoir des algorithmes plus rapides et un surcroît de puissance de calcul. Les fonctions actuelles de comptage ne peuvent pas classer les différences subtiles entre les ligands ou modéliser convenablement les effets secondaires. (Retour)

25  La cristallographie à rayons X, la résonnance magnétique nucléaire et la modélisation de l'homologie servent à calculer la structure 3-D d'une protéine cible. Des algorithmes d'ordinateur sont ensuite utilisés pour calculer les lieux de liaison probables pour les molécules et pour sélectionner, à partir d'une base de données, des composés ayant des formes et des fonctions moléculaires appropriées. Ces composés sont placés dans les régions de la structure protéinique et classés sur la base de leurs interactions électrostatiques avec le site cible pour modifier l'activité biologique de la protéine. (Retour)

26  Les percées comprennent l'utilisation de robots de manutention et de distribution des liquides, la capacité de distribuer des nanogouttelettes de protéine (ce qui a entraîné l'apparition plus rapide de cristaux), la disponibilité d'un faisceau synchrotronique plus intense qui facilite l'analyse de ces très petits cristaux et les robots de montage et d'alignement des cristaux qui permettent que les données des rayons X puissent être recueillies sans supervision humaine 24 heures par jour. (Retour)

27  A.M. Aronov. « Predictive in silico modeling for hERG channel blockers », Drug Discovery Today, janvier 2005, p. 149–156. (Retour)

28  Sidec Technologies. (www.sidec.com/). (Retour)

29  D. Filnore. « Crystallography on Drugs », Today's Chemist at Work, American Chemical Society, janvier 2004, p. 32. (Retour)

30  Susan B. Fowler et autre. « Rational design of aggregation-resistant bioactive peptides », Proceedings of the National Academy of Sciences, 19 juillet 2005, p. 10105–10110. Des travaux analogues sont effectués au laboratoire SWITCH à l'Université de Bruxelles. (Retour)

31  La nanotechnologie est la manipulation et l'interaction de matières dont une dimension au moins mesure 100 nanomètres (nm) ou moins. Un nm représente un millionième de mètre; le diamètre d'un cheveu humain est de 50 000 nm, celui des cellules sanguines rouges est de 7 000 nm, celui d'un bactérium est d'environ 1 000 nm, celui d'un virus est d'environ 100 nm, celui d'un récepteur est d'environ cinq nm, celui d'un point quantique est de deux à neuf nm, celui d'un ADN est de 2,5 nm, celui d'une molécule d'aspirine est de un nm, la largeur d'une molécule d'eau est d'environ 0,3 nm et le lien typique entre deux atomes a 0,15 nm de longueur. Les propriétés des matériaux peuvent être différentes à l'échelle nanométrique à cause de leur surface relativement plus grande et parce que les effets quantiques commencent à dominer le comportement de la matière qui influe sur les propriétés optiques, électriques et magnétiques. (Retour)

32  La signalisation se produit lorsque la pointe AFM touche la surface (crée une tension) et lorsqu'elle se retire. (Retour)

33  Les essais cliniques d'innocuité pour les vaccins sont d'une envergure beaucoup plus vaste. Des essais, pour deux nouveaux vaccins expérimentaux antirotavirus, ont exigé un suivi sur plus de 60 000 bébés. Ils sont devenus les plus grands essais jamais menés pour évaluer l'innocuité de vaccins. (Retour)

34  J. DiMasi et autre. « The price of innovation: new estimates of drug development costs », Journal of Health Economics, 22 (2003), p. 177. (Retour)

35  I. Kola and J. Landis. « Can the pharmaceutical industry reduce attrition rates », Nature Reviews Drug Discovery (août 2004), p. 711. (Retour)

36  Albert Pi Li. « An integrated, multidisciplinary approach for drug safety assessment », Drug Discovery Today (16 août 2004), p. 687–88. (Retour)

37  Dr L. Crawford, Commissaire intérimaire de la FDA. Allocution à la Mayo Alliance for Clinical Trials Conference (26 août 2004). (Retour)

38  J. Kaper et autre. « Vaccine Development: Current Status and Future Needs », Report from the American Academy of Microbiology (mars 2005). (Retour)

39  Decision Resources Inc. Drug Discovery & Design, Vol. 1, Toxicogenomics (janvier 2003). (Retour)

40  Ian Wilding et Angus Bell. « Improved early clinical development through human microdosing studies », Drug Discovery Today, juillet 2005, p. 890. (Retour)

41  Richard Frank et Richard Hargreaves. « Clinical Biomarkers in Drug Discovery & Development », Nature Reviews (juillet 2003), p. 566–67. (Retour)

42  Jeffrey Ross et autre. The Integration of Molecular Diagnostics with Therapeutics, 14 février, document consulté le 12 décembre 2004. (Retour)

43  L'anticorps monoclonal HerceptinMD de Genentech, qui cible 25 p. 100 à 30 p. 100 des personnes souffrant d'un cancer du sein qui sur expriment l'antigène HER2/neu, a été le premier marqueur spécifique lié à une thérapie, à faire l'objet d'une évaluation obligatoire. Les autres exemples incluent GleevecMD (leucémie myéloïde chronique) et ErbituxMD (cancer colorectal avancé). (Retour)

44  L'IressaMD d'AstraZeneca (contre le cancer du poumon non à petites cellules) est un exemple de médicament approuvé sur la base d'une diminution de 50 p. 100 de la taille de la tumeur pendant au moins un mois, mais qui a dû être retiré du marché américain après la découverte d'un taux de survie marginal, d'un fort pourcentage de sujets n'ayant pas répondu et une incidence statistiquement élevée de pneumopathie interstitielle. (Retour)

45  Par exemple, les tumeurs réapparaissent chez beaucoup de patients (en début de maladie) atteints de cancer colorectal en raison d'anomalies aux chromosomes 8 et 18. Un test qui pourrait mesurer cliniquement ce déséquilibre serait utile. (Retour)

46  Jeffery Matthews. New Renal Transplant Registry Targets Immune Tolerance (en anglais seulement), 29 juillet 2004, document consulté le 5 août 2004. (Retour)

47  Homer Oien et autre. « Using Imaging Biomarkers to Accelerate Drug Development and Clinical Trials », Drug Discovery Today (février 2005), p. 260. (Retour)

48  On a découvert récemment que les protéines bêta-amyloïdes qui forment des plaques dans le cerveau des personnes souffrant de la maladie d'Alzheimer sont également présentes dans le cristallin. Au lieu d'imager le cerveau, un laser infrarouge est dirigé dans le cristallin et la lumière diffuse révèle la quantité de protéine qui s'y trouve. (Retour)

49  Le groupe CYP3A, par exemple, métabolise presque 50 p. 100 des médicaments approuvés (comme les inhibiteurs de la protéase du VIH, les immunosuppresseurs, les inhibiteurs calciques et les anticancéreux), tandis que la famille CYP2D6 métabolise de 25 p. 100 à 30 p. 100 des médicaments approuvés (les agents bétabloquants, les antiarythmiques, les antidépresseurs, les dérivés de la morphine et les antipsychotique). (Retour)

50  Par exemple, la taille du foie et le débit sanguin vers le foie ralentit généralement chez les personnes plus agées, ce qui nuit à l'élimination des médicaments. La clairance rénale décline aussi avec l'âge. (Retour)

51  Ces tests incluent les essais d'immunihistochimique (IHC) et d'hybridation in situ en fluorescence (HISF) pour la sélection des personnes souffrant d'un cancer du sein qui sont éligibles pour HerceptinMD ainsi qu'un essai IHC pour choisir les patients atteints de cancer colorectal pour la thérapie à base d'ErbituxMD. (Retour)

52  À part l'essai AmpliChip CYP450 de Roche, il existe aussi un test pour les mutations de l'enzyme métabolisant thiopurine méthyltransférase à cause du risque de toxicité hématopoïétique des personnes souffrant de leucémie et qui suivent la thérapie à base de mercaptopurine, ainsi qu'un test pour détecter les variations du gène UGT1A1 qui affecte le métabolisme de l'agent chimiothérapeutique irinotécane utilisé dans le traitement du cancer colorectal. (Retour)

53  Les premiers essais complémentaires d'HerceptinMD de Genentech se sont basés sur l'immunocytochimie. (Retour)

54  La spectroscopie de masse SELDI-TOF-MS, par exemple, est très sensible à chaque étape du processus analytique; les technologies de séquençage doivent réduire considérablement leur vitesse et leur prix, ou encore les modèles protéomiques n'ont pas de pouvoir discriminatoire (par exemple, il se peut que l'origine des pointes ne soit pas dans les protéines spécifiques de la tumeur. (Retour)

55  Un exemple a été l'utilisation par la FDA de la modélisation quantitative et du logiciel de simulation de Pharsight pour aider à optimiser la conception des essais cliniques des phases II et III pour un médicament anti-VIH. (Retour)

56  Appellation commerciale qui appartient à l'entreprise Ablynx établie en Belgique. Le CNRC collabore avec Ablynx, qui domine au niveau de la protection des brevets dans le domaine des nanocorps, initialement avec des applications dans le domaine de la maladie d'Alzheimer. (Retour)

57  Lea Ann Dailey et autre. « The role of branched polyesters and their modifications in the development of modern drug delivery vehicles », Journal of Controlled Release (novembre 2004), p. 137. (Retour)

58  A. Wack et R. Rappuoli. « Vaccinology at the beginning of the 21st century », Current Opinion in Immunology, Vol. 17 (2005), p. 414. (Retour)

59  Le vaccin est séché par atomisation à l'aide d'un sirop de sucre, qui durcit pour former des sphères de glace microscopiques qui sont ensuite suspendues dans l'hydrocarbure fluoré entièrement halogéné, une matière liquide inerte. Pour les vaccins combinés, chaque composant peut être revêtu avant d'être combiné, de sorte qu'ils ne puissent pas se gêner mutuellement, et les sphères de glace peuvent être conçues pour se dissoudre à des degrés différents, en permettant aux injections de rappel d'être administrées dans la même injection que le vaccin initial. (Retour)

60  K. Carlson. « Flexibility — Guiding principle for antibody manufacturing », Nature Biotechnology (septembre 2005), p. 1057. (Retour)

61  R. Werner. « The Development and Production of Biopharmaceuticals », Trends in Integrated Biomanufacturing, numéro spécial de BioProcess International (septembre 2005), p. 11. (Retour)

62  Voir www.ciphergen.com pour une description de cette technologie. (Retour)

63  Vladimir Mironov et autre. « Organ Printing: computer-aided jet based 3D tissue engineering », Trends in Biotechnology (avril 2003). (Retour)

64  R. Kneller. « National origin of new drugs », Letter to the Editor, Nature Biotechnology (juin 2005), p. 655. Le nombre diffère de la Figure 1, car il inclut les NEM et les NPB standards. (Retour)

65  Idem. (Retour)

66  Roger Coronini et autre. « Decoding the literature on genetic variation: survey of the scientific and patent literature on single nucleotide variants », Nature Biotechnology (janvier 2003), p. 21–29. (Retour)

67  Biopharmaceuticals in Canada  — Benchmarking of Canadian Biopharmaceutical Science and Technology, rapport préparé pour Industrie Canada (mars 2003). (Retour)

68  Roger Coronini et autre. « Decoding the literature on genetic variation: survey of the scientific and patent literature on single nucleotide variants », Nature Biotechnology (janvier 2003), p. 21–29. (Retour)

69  Huang, Zan et autre. « Longitudinal Patent Analysis for Nanoscale Science and Engineering: Country, Institution, and Technology Field », Journal of Nanoparticle Research (2003), Vol. 5, numéro 3–4, p. 45. (Retour)

70  C. Riddle. « Taking Stock of R&D across Three Sectors », Rapport préliminaire du CCST (juin 2003). (Retour)

71  Statistique Canada. Total Spending on Research and Development in Canada 1990–2005, Catalogue 88-001-XIE, Vol. 29, no 8 (décembre 2005). (Retour)

72  OECD Science, Technology, and Industry Scoreboard — Towards a knowledge-based economy 2005 (en anglais seulement).  (Retour)

73  Statistique Canada. Estimations des dépenses totales au titre de la recherche et du développement dans le secteur de la santé, de 1988 à 2004, 88-001-XIE, Vol. 29, no 5 (juillet 2005). (Retour)

74  Statistique Canada. Activités scientifiques en biotechnologie selon certains ministères fédéraux et organismes, 2004–2005, 88-001-XIE, Vol. 30, no 2 (mars 2006), tableau 2 et tableau 3A. (Retour)

75  Le nouveau financement a été accordé suite aux rapports des comités consultatifs nationaux au sujet de l'état actuel et du potentiel de l'industrie, par exemple, Leading in the New Millennium (1998), le sixième rapport du Comité consultatif national de la biotechnologie. (Retour)

76  Idem.. Voir aussi Kathryn Howard, directrice générale, Direction générale des sciences de la vie, Industrie Canada, Présentation à la Conférence BioteCanada 2003: Adapting to the Times (29 mai 2003), diapositive 3–7. (Retour)

77  Rapport annuel 2004–2005 du RCE, disponible à : (www.nce.gc.ca/annualreport2004_2005/Eng/2_3/2_3_3.asp#2_5_6.  (Retour)

78  Industrie Canada; 14  chaires sont du Volet Un (1,4 million de dollars répartis sur 7 ans) et 16 chaires sont du Volet Deux (0,5 million de dollars répartis sur 5 ans). (Retour)

79  Rapport du Ontario Biocouncil (mars 2002), notamment le chapitre 2. (Retour)

80  KPMG (2006). « Competitive Alternatives: KPMG's Guide to International Business Costs », résumé et Vol. 1, tableaux. (Retour)

81  Les périodes d'approbation au Canada sont mentionnées dans le document de Santé Canada (2004). Regulatory Review of Pharmaceuticals, Biologics and Medical Devices, Annual Summary of Performance, p. 24–25. Les périodes d'approbation aux États-Unis sont mentionnées dans le Rapport à la Nation de la FDA, U.S. Health and Human Services, intitulé Improving Public Health Through Human Drugs, chapitre 1, Drug Review, p. 14–16; Les périodes d'approbation en Union Européenne sont mentionnées dans le 10e Rapport Annuel de l'Agence médicale européenne (2004), Tenth Annual Report of the European Medicine Area 2004, EMEA/61492/2005/EN/FINAL, p. 31–32. À noter que l'évaluation scientifique pour les nouvelles substances actives au Royaume-Uni est maintenant de 40 jours; voir Medicines and Health Care Regulatory Agency Annual Report and Accounts 2004/05, p. 30. Les comparaisons sont difficiles, car les taux dépendent du nombre de requêtes et des types de requêtes. Les produits biologiques exigent généralement des périodes d'approbation plus longues. (Retour)

82  Stratégie canadienne en matière de biotechnologie : Recherche sur l'opinion publique au sujet des questions de biotechnologie — 5e vague (décembre 2001). (Retour)

83  Les compagnies de recherche pharmaceutique du Canada estiment que le coût de commercialisation d'un nouveau médicament est de 1,3 milliards de dollars. De la section « Facts you should know » de leur site Web. (Retour)

84  Joseph Cortwright et Heike Mayer. « Signs of Life: The Growth of Biotechnology Centres in the U.S. », The Brookings Institution Center on Urban and Metropolitan Policy (2002), p. 5, résumé. (Retour)

85  Ernst & Young. « Beyond Borders (2005) », Top Biotechnology Centres. (Retour)

86  « Biopharmaceutical Sector Competitiveness Framework », Industry Technology Roadmap Initiative, travail préliminaire, Industrie Canada (mai 2000). (Retour)

87  « Converging Science and Leadership: The Key to the Future », étude du Conseil des ressources humaines en biotechnologie (2004). (Retour)

88  U.S. Food and Drug Administration. Introduction or Stagnation: Challenge and Opportunity on the Critical Path to New Medical Products - March 2004 (en anglais seulement). (mars 2004). (Retour)

89  Les investissements publics dans la recherche universitaire : comment les faire fructifier, CCST, 1999. (Retour)

90  B.P. Clayman et J.A. Holbrook. « The Survival of University Spin-offs and Their Relevance to Regional Development » (2004). Centre for Policy Research in on Science and Technology (CPROST), Simon Fraser University, 515, rue West Hastings Vancouver (C.-B.) V6B 5K3 Canada. Voir aussi www.sfu.ca/cprost/docs/CFI%20spinoffs%20March2.doc  (Retour)

91  Association of University Technology Managers. Le transfert technologique aux universités canadiennes : année financière 2001, mise à jour (mai 2003). (Retour)

92  Biopharmaceuticals in Canada — Benchmarking of Canadian Biopharmaceutical Science and Technology. étude interne préparée pour Industrie Canada (mars 2003). (Retour)

93  Dr Chris Riddle. « Commercialization Strategies of Canadian Universities and Colleges », Advisory Council on Science and Technology (mars 2004). Pour une étude exhaustive sur les pratiques en matières de brevets pour le domaine de la biotechnologie dans les universités, lire Mark G. Edwards, Fiona Murray & Robert Yu, Value Creation and Sharing among Universities, Biotechnology and Pharma, Nature Biotechnology, no 21, (6 juin 2003) aux pp. 618–622. Pour des données sur les tendances en matière de brevets, surtout pour les differences entre les ententes pour les entreprises en démarrage et celles en stade avancé, voir le site Web Recap (en anglais seulement).  (Retour)

94  MacDonald & Associates Ltd. « Where Does Biotech Fit? » (2004).  (Retour)

95  Bruce Rassmusen. « Alliance Opportunities for Australian Biotechnology », Pharmaceutical Industry Project Working Paper Series, no 23, Centre for Strategic Economic Studies, Victoria University of Technology, Melbourne, Australie (2004), p. 6, figure 3, citant les données du site Web Recap.  (Retour)

96  Voir, par exemple, « Leading in the Next Millennium », Comité consultatif national de la biotechnologie, sixième rapport, 1998, notamment le chapitre 2 et l'annexe 1, Recommandations.  (Retour)

97  Kathryn Howard, Directrice générale, Direction générale des sciences de la vie, Industrie Canada, Présentation à la BioteCanada Conference 2003: Adapting to the Times(29 mai 2003), diapositives 8 à 11.  (Retour)

98  Science and Technology Statistical Compendium. « Science and Innovation Policy: Key Challenges and Opportunities », Meeting of OECD Committee for Scientific and Technological Policy at the Ministerial Level (janvier 2004).  (Retour)

99  SECOR Consulting. « From Research to Marketing: Conditions for the Maturation of University Research in the Life Sciences », rapport pour BioQuébec (février 2005).  (Retour)

100  Table ronde sur le financement en CR de l'étape d'amorçage/de préamorçage et les aptitudes à la commercialisation. Secrétariat du CCST (mars 2004).  (Retour)

101  Ernst & Young. « Beyond Borders » (2003), p. 5.  (Retour)

102  A Schincariol, président et PDG, Viventia Biotech. « Barriers to Success: Access to Financial and Human Resources », table ronde des PDG (11 avril 2003), Toronto, diapositive 17.  (Retour)

103  Harrison. op.cit., diapositive 11.  (Retour)

104  Le programme Small Business Industrial Research (SBIR) est un exemple d'initiative destinée à permettre aux nouvelles entreprises dans des secteurs stratégiques de progresser vers les étapes de preuve de principe afin de maximiser les chances d'une commercialisation efficace.  (Retour)