Le CRSNG, le CRSH, les IRSC et la FCI collaborent étroitement entre eux et avec d'autres partenaires dans le cadre de nombreux programmes de financement. Il peut s'agir de grands programmes, pour lesquels la responsabilité est partagée entre les organismes, ou de plus petits programmes auxquels participent deux ou trois organismes. Ces programmes, petits et grands, visent notamment à appuyer de nombreux aspects du système de la recherche et de l'innovation : les étudiants, le corps professoral, les établissements et les initiatives de recherche concertée, par exemple.